组织机构
机关部处
合署： 改革与发展研究室、安全保障委员会办公室、地方合作办公室/乡村振兴办公室、大零号湾专项办公室、特区学院协调办公室；挂靠：信访工作办公室、法律事务室、机要室
下设：办公室、第一纪检监察室、第二纪检监察室、综合业务室
合署：党委党校、机关党委、老干部处、党委机构编制委员会办公室
党委统战部
合署：学生处、团委、人民武装部；挂靠：学生事务中心
合署： 妇女工作委员会
合署：国家卓越工程师学院
合署：招生办公室
挂靠： 智库中心 、智慧人文社科中心
合署： 港澳台办公室；挂靠： 出入境管理与服务中心、留学生发展中心、德国中心
合署：党委教师工作部、人才引进与服务中心；挂靠：退休人员事务中心，人才工作领导小组办公室
合署： 重点建设办公室、信息化推进办公室
合署：实验室安全与环保中心
直（附）属单位
- 图书馆
- 档案文博管理中心
- 教育技术中心
- 网络信息中心 （网络安全和信息化领导小组办公室）
- 分析测试中心
- 学生创新中心 （创业学院）
- 教学发展中心
- 终身教育学院
- 钱学森图书馆
- 后勤保障中心
- 附属中学
- 系统生物医学研究院
- 期刊中心
- 新加坡研究生院
- 海洋专项推进工作办公室（海洋装备研究院）
- 转化医学研究院（专项建设办公室）
- 变革性分子前沿科学中心
- 张江高等研究院
- 上海海洋装备前瞻技术研究院
- 校区建设指挥部办公室
- 深远海大科学设施指挥部办公室
- 基础教育办公室
- 产教融合创新平台建设指挥部办公室
直属研究平台
- 李政道研究所
- 元知机器人研究院
- 廉政与法治研究院
- 全健康研究院
- 智能传播研究院
- 主动健康战略与发展研究院
- 磁共振诊疗高端技术国家工程研究中心
- 海洋工程全国重点实验室
- 机械系统与振动全国重点实验室
- 微米/纳米加工技术全国重点实验室
- 免疫创新药物全国重点实验室
- 组学与疾病全国重点实验室
- 肿瘤系统医学全国重点实验室