工科

• 船舶海洋与建筑工程学院
• 机械与动力工程学院
• 电子信息与电气工程学院
• 集成电路学院
• 材料科学与工程学院
• 环境科学与工程学院
• 生物医学工程学院
• 航空航天学院

理科

• 数学科学学院
• 物理与天文学院
• 化学化工学院
• 海洋学院

生命科学

• 生命科学技术学院
• 农业与生物学院
• 医学院
• 药学院

人文社科

• 安泰经济与管理学院
• 凯原法学院
• 外国语学院
• 人文学院
• 马克思主义学院
• 国际与公共事务学院
• 媒体与传播学院
• 设计学院
• 体育系
• 上海高级金融学院

国际化办学

• 上海交大密西根学院
• 巴黎卓越工程师学院
• 上海交大-南加州大学文化创意产业学院
• 中欧国际工商学院
• 中英国际低碳学院

交叉学科

• 致远学院
• 智慧能源创新学院
• 教育学院
• 溥渊未来技术学院
• 人工智能学院
• 心理学院

研究院·基础研究

• 系统生物医学研究院
• 自然科学研究院
• 海洋研究院
• 李政道研究所
• 中国法与社会研究院
• 变革性分子前沿科学中心
• 张江高等研究院

研究院·应用基础研究

• 能源研究院
• 空天科学技术研究院
• 汽车工程研究院
• 航空发动机研究院
• 燃气轮机研究院
• 上海智能制造研究院
• 医疗机器人研究院
• 医学影像先进技术研究院
• 人工智能研究院
• 三亚崖州湾深海科技研究院
• 元知机器人研究院

研究院·综合交叉

• 碳中和发展研究院
• Bio-X研究院
• Med-X研究院
• 转化医学研究院
• 个性化医学研究院
• 董浩云航运与物流研究院（中美物流研究院）
• 新农村发展研究院 （农业与生物学院）