基础研究

• 系统生物医学研究院
• 自然科学研究院
• 海洋研究院
• 李政道研究所
• 中国法与社会研究院
• 变革性分子前沿科学中心
• 张江高等研究院

应用基础研究

• 能源研究院
• 空天科学技术研究院
• 汽车工程研究院
• 航空发动机研究院
• 燃气轮机研究院
• 上海智能制造研究院
• 医疗机器人研究院
• 医学影像先进技术研究院
• 人工智能研究院
• 三亚崖州湾深海科技研究院
• 元知机器人研究院

综合交叉

• 碳中和发展研究院
• Bio-X研究院
• Med-X研究院
• 转化医学研究院
• 个性化医学研究院
• 董浩云智能制造与服务管理研究院（中美物流研究院）
• 新农村发展研究院 （农业与生物学院）