上海交通大学微生物发酵领域早在1990年代初就在国内具有一定的声誉，曾成功开发了多种微生物制剂。学校在“985”和“211”建设中为微生物学科投入2000多万, 非常重视微生物学科的发展和相关人才的引进和培养。

　　围绕微生物学的重要基础与热点问题如微生物代谢途径与代谢工程等，加强基础研究与应用基础研究及其两者之间的协调发展，我校在较短的时间内聚集了以邓子新院士为代表的一大批优秀的中青年学者，建立了“微生物代谢途径与代谢工程”教育部创新团队。包括院士和长江特聘教授2名、国家杰出青年基金获得者3名、中科院百人计划1名、教育部新世纪优秀人才2名、及上海市科技启明星等人选。

　　根据所研究的微生物领域，形成了药物微生物学、环境微生物学、应用与工业微生物学三个研究方向，分别由著名学者牵头负责。

　　特别在药物微生物学方向已达到国际先进水平，建立了微生物抗生素基因库，开展了抗生素代谢工程与化学生物学的研究, 在杀虫、抗病、抗癌等重要抗生素生物合成基因克隆、定位、结构功能分析、表达和遗传调控机制、抗生素代谢工程与药物创新、天然产物的生物化学与组合生物合成等方面取得了系统性研究进展, 提出了多个国际认同的抗生素生物合成分子机制的理论模型。

　　环境微生物学方面则建立了独特的基于DNA的指纹图谱和分子识别技术，开展了微生物分子生态学的研究，在难培养微生物的筛选与分析、环境有毒物质的微生物降解、有毒微生物的监测与分析技术等研究领域在国内形成了学科优势。所开发的“NPR”技术已用于海洋监测。

　　应用与工业微生物学方面发展迅速，已在海洋微生物、食品微生物、微生物快速检测等领域形成了自己的特色，有关灵芝、人参等的液体发酵技术和有效成分利用达到了国际先进水平。

　　和国内其他高校的微生物学科相比，上海交大微生物学科以微生物代谢途径和代谢工程为研究特色，应用领域涉及药物微生物学、环境微生物学、应用与工业微生物学，将微生物的研究从利用天然微生物资源深入到基因工程重组微生物并根据研究目的人工构建全新的微生物，将微生物代谢的研究层次从细胞层次深入到分子层次，研究内容和国内其他研究单位和高校不重复，而且可以和国内其他微生物学科加强联系，相辅相成，互相促进，共同推动我国微生物领域的研究和应用的快速发展。

　　本学科的另一特点是充分利用上海交通大学的多学科优势，加强学科的交叉和融合。最近几年来，发表了一批微生物领域内有影响的SCI论文，在化学生物学、微生物分析技术、代谢工程、微生物发酵技术等作出了突出贡献。