国家实验室

• 船舶与海洋工程国家实验室（筹）

国家重大科技基础设施

• 转化医学国家重大科技基础设施（上海）

国家重点实验室

• 海洋工程国家重点实验室
• 机械系统与振动国家重点实验室
• 金属基复合材料国家重点实验室
• 区域光纤通信网与新型光通信系统国家重点实验室
• 癌基因及相关基因国家重点实验室
• 医学基因组学国家重点实验室
• 微生物代谢国家重点实验室
• 微米/纳米加工技术国家级重点实验室

国家级科研机构

• 李政道研究所

国家工程研究中心

• 模具CAD国家工程研究中心
• 轻合金精密成型国家工程研究中心
• 纳米技术及应用国家工程研究中心
• 组织工程国家研究中心
• 数字电视国家工程研究中心

国家工程实验室

• 汽车电子控制技术国家工程实验室
• 信息内容分析技术国家工程实验室

国家级研发（实验）中心

• 国家能源智能电网（上海）研发中心

2011协同创新中心

• IFSA协同创新中心
• 未来媒体网络协同创新中心
• 高新船舶与深海开发装备协同创新中心

国家双创示范基地

• 国家双创示范基地（双创推进办公室）

国家级国际科技合作基地、国际联合研究中心

• 系统生物医学国家级国际联合研究中心
• 中美食品安全联合研究中心
• 激光制造国际科技合作基地
• 先进核能系统热工水力基础研究国际科技合作基地
• 上海转化医学国际联合研究中心

世界卫生组织合作中心

• WHO新生儿保健合作中心
• WHO免疫遗传学与免疫病理学合作中心
• WHO癌症研究合作中心