院系设置

理工类
理学院数学系	理学院物理系	机械与动力工程学院
电子信息与电气工程学院
	软件学院（二级学院）	信息安全工程学院（二级学院）
船舶海洋与建筑工程学院	材料科学与工程学院	化学化工学院
环境科学与工程学院	微电子学院	塑性成形工程系 (直属系)

生命类
医学院
	基础医学院	瑞金临床医学院
	仁济临床医学院	九院临床医学院
	六院临床医学院	宝钢临床医学院
	口腔医学院	国药人文与卫生管理学院
	护理学院	生物医学工程系
	检验系	营养系
	药学系
生命科学技术学院（与中科院上海生科院共建）
农业与生物学院（1999年9月并入原上海农学院）
药学院（与上海医工院共建）


文科类
安泰管理学院	法学院	外国语学院
人文学院	媒体与设计学院	国际与公共事务学院
体育系（直属系）

其他类
成人教育学院	网络教育学院	国际教育学院
技术学院